Com isso, o modelo básico do desempenho animal (1) define a expressão fenotípica da característica na soma dos efeitos genéticos, de ambiente e da interação entre eles, ou seja, o fenótipo dos indivíduos é o resultado de seu genótipo, manifestado segundo o ambiente em que este indivíduo está exposto. Assim, a interação genótipo-ambiente é caracterizada quando as diferenças fenotípicas entre diferentes genótipos são desiguais de um ambiente para outro.
(1) P = G + E + GxE
Em que P é o fenótipo; G é o genótipo; E é o ambiente e GxE é a interação genótipo-ambiente.
A existência da interação genótipo-ambiente adquire importância se há diferenças entre os ambientes de seleção e de produção, o que pode implicar em desempenho diferenciado e, por conseguinte, resposta à seleção significativamente inferior àquela esperada. No tocante ao processo de seleção, isto implica que os animais identificados como melhoradores em um determinado ambiente não serão necessariamente os de melhor desempenho, se transferidos para um ambiente diferenciado ou se sua progênie for criada em condições diferentes do ambiente no qual esses animais foram selecionados, sobretudo se este ambiente for de pior qualidade ambiental ou condições significativamente adversas.
Vale ressaltar que as interações podem ser: (i) alterações de ordem de classificação dos genótipos, de acordo com o desempenho de cada um em determinado ambiente ou (ii) alterações na magnitude das diferenças entre os desempenhos dos genótipos, como ilustrado na Figura 1.

Adaptado de Corrêa et al. (2007)
Figura 1. Ilustração da interação genótipo-ambiente, (1) a ordem dos genótipos se mantém, mas a magnitude da diferença não, (2) o ordenamento dos genótipos é diferente de acordo com o ambiente.
Quanto mais distantes forem as diferenças entre genótipos e/ou os ambientes, mais acentuado e fácil de identificar será o efeito dessa interação. Essa interação pode se expressar de diferentes formas e com diferentes intensidades (Tabela 1), sendo que a expressão mais extrema pode ser representada pela inversão de posicionamento de um determinado genótipo com sua mudança para outro ambiente diferente daquele em que foi obtido o primeiro posicionamento. Para melhor entendimento, considere o seguinte exemplo: supondo-se que um teste de avaliação comparativa entre duas raças, A e B, tenha sido desenvolvido em dois ambientes distintos representados pelas letras X e Y. Os resultados revelaram que enquanto a raça A foi superior à raça B no ambiente X, a raça B superou a raça A no ambiente Y (Figura 1).
Espera-se que ocorra interação GxE quando as diferenças entre os genótipos e entre os ambientes forem grandes.
Tabela 1. Situações possíveis de interação genótipo-ambiente.

A primeira situação ocorre quando há grandes diferenças nos patamares genéticos e ambientais. No caso de bovinos, o exemplo típico é a comparação da produtividade de diferentes raças em ambientes contrastantes, como a comparação entre raças europeias (Ex. Holandesa) e zebuínas (ex. Gir Leiteiro) em ambiente tropical e temperado. A ocorrência deste tipo de interação implica em conhecer qual a combinação ótima entre genótipos e ambientes, em busca da maximização da produção.
Para o tipo de interação da segunda situação, pode-se exemplificar o caso dos plantéis de seleção localizados nas melhores regiões temperados ou subtropicais, em que são utilizadas práticas de manejo e programas alimentares e nutricionais bem acima da média. Os reprodutores produzidos nestes plantéis são então distribuídos para serem usados nos mais variados ambientes. O conhecimento da importância dessa interação permite, em alguns casos, definir as condições de ambiente em que os animais deverão ser selecionados.
A terceira situação pode ocorrer quando, por exemplo, diversas raças são criadas numa determinada área. Neste caso, a comparação do desempenho dos animais é importante, pois as interações possivelmente estarão presentes, mas não terão importância, desde que os resultados sejam usados para àquela situação de ambiente.
A quarta e última situação pode ocorrer, por exemplo, quando um grupo de indivíduos é transferido de condições favoráveis para um ambiente ruim, alterando-se o comportamento relativo dos indivíduos, para uma dada característica. Tipicamente observável em grupos de animais importados de países temperados.